נאמן התמחה בשנת 1964 אצל השופטת מרים בן פורת בבית המשפט המחוזי בירושלים, ובין השנים 1965-1968 התמחה ועסק בעריכת דין במשרד עו”ד י. גורניצקי ושות’.
בתחילת שנות ה-70 החל לפעול כעורך דין עצמאי, וביולי 1972 נמנה עם מקימי משרד עורכי הדין הרצוג, פוקס, נאמן ושות’. שימש כשותף בכיר במשרד בין השנים 1972-1979, 1981-1996, 1996-1997(ההפסקות נבעו ממעברו לפעילות ציבורית, כמנכ”ל משרד האוצר וכשר). בין השאר, ייצג נאמן את אבא אבן בהסדרת ענייני חשבונותיו בחוץ לארץ.
במקביל לעיסוקו כעורך דין כיהן כדירקטור בבנק טפחות למשכנתאות (1974-1977).
בשנת 1997, כאשר מונה לשר האוצר, מכר נאמן את חלקו במשרד לשותפיו, ושמר לעצמו את האופציה לשוב למשרד כשותף בכיר. עם התפטרותו מתפקיד שר האוצר, בדצמבר 1998, שב לשותפות במשרד.
מנכ”ל משרד האוצר
מנובמבר 1979 עד פברואר 1981, בתקופת כהונתו של יגאל הורביץ כשר האוצר, כיהן נאמן כמנכ”ל משרד האוצר. למען טוהר המידות נקבע שנאמן לא יעסוק בנושא הקשור ללקוח של משרד הרצוג, פוקס, נאמן ושות’.
במסגרת תפקידו כמנכ”ל משרד האוצר פעל נאמן כדירקטור בשתי חברות ממשלתיות: חברת אל על והתעשייה האווירית, וכן היה יושב ראש של שתי ועדות מנכ”לים:
ועדת המנכ”לים לענייני אזור יהודה, שומרון וחבל עזה.
ועדת המנכ”לים לעניינים כלכליים בינלאומיים.
כן היה חבר הוועדה לאנרגיה אטומית.
ועדת בייסקי, שחקרה את משבר מניות הבנקים של 1983, מתחה ביקורת על הורביץ וכתבה כי הוא “לא הבין, לטענתו, את חומרת המצב… הוא גם נושא באחריות לארגון לקוי של משרדו, כשנושאים בתחום סמכותו אינם זוכים לטיפולו ואינם מובאים בפניו”, ונקבע כי אחריותו של נאמן למשבר קשורה למחדליו של הורוביץ.
שר בממשלות ישראל
שר המשפטים בממשלת נתניהו הראשונה
ב-18 ביוני 1996 מונה נאמן לכהונת שר המשפטים בממשלת נתניהו. שעות ספורות קודם לכן הגיש העיתונאי יואב יצחק עתירה לבית המשפט העליון, ובה טען כי נאמן אינו כשיר לכהונת שר בכלל ושר משפטים בפרט – בשל הודעות כוזבות שמסר ומעשים פליליים לכאורה שביצע. למחרת היום הודיע היועץ המשפטי לממשלה, מיכאל בן יאיר, על פתיחת בדיקה משטרתית, בפרשה אחת (בלבד) מתוך שמונה שהועלו בעתירה. ב-8 באוגוסט 1996 הודיע היועץ המשפטי לממשלה לבית המשפט העליון, כי החליט לפתוח בחקירת משטרה נגד השר נאמן. באותו היום הגיש נאמן את התפטרותו מתפקיד שר המשפטים. כתב האישום נגד יעקב נאמן כלל שני עניינים: הגשת תצהיר כוזב לבית המשפט העליון (כתשובה לעתירה) ומסירת עדות שקר בחקירתו במשטרה. נאמן זוכה ב-15 במאי 1997 לאחר שנמצא שפעל בתום לב. בית המשפט קבע כי אכן מסר בתצהירו פרטים בלתי נכונים ומטעים בשלבי חקירתו הפלילית, אך ציין כי התיקונים שביצע מאוחר יותר מעידים שהדבר נעשה ללא כוונה פלילית.
לנאמן ביקורת רבה על התביעה הכללית של מדינת ישראל ועל התנהלותה של המשטרה בחקירת אישי ציבור. לגבי העמדתו לדין הוא טען שהדבר נבע מנקמנות של היועץ בן יאיר, שבדרך זו ניסה למנוע את הדחתו שלו בידי ראש הממשלה נתניהו ושר המשפטים נאמן. הוא הצביע על שורה של הגשות כתבי אישום לא מוצדקות שנעשו לטענתו. למשל כלפי רפאל איתן במטרה למנוע ממנו להיות שר המשטרה, וחקירות מתמשכות של רובי ריבלין במטרה למנוע ממנו להיות שר המשפטים. בנוסף הוא אף טען כי המשטרה עושה פומבי לחקירות אישי ציבור, כדי לכסות על אוזלת ידה בתחומי הפשיעה הרגילים, והעיתונות שמשתפת אתה פעולה, משחירה את פניה של ישראל בעולם ומבריחה ממנה משקיעים זרים.
שר האוצר בממשלת נתניהו הראשונה
ב-9 ביולי 1997 מונה נאמן לשר האוצר, משרד בו כבר שימש מנכ”ל בשנים 1979-1981.
עם מינויו הפך נאמן ליד ימינו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, ולאחד השרים הדומיננטיים בממשלה. בין היתר ניהל בשם הממשלה את המשא ומתן עם הרפורמים והקונסרבטיביים בשאלת הגיור. לחובתו של נאמן נרשם הכישלון במשא ומתן עם ההסתדרות החדשה, ותקציב המדינה הבעייתי שהוכן לשנת 1998. נאמן הואשם על ידי עמיתיו השרים באי-אמינות, ובחוסר רגישות לצורכי השכבות החלשות. ב-18 בדצמבר 1998 התפטר נאמן, עקב חוסר גיבוי מצד ראש הממשלה נתניהו, ושב למשרד עורכי הדין.
שר המשפטים בממשלת נתניהו השנייה
נאמן חזר לפעילות פוליטית לאחר הבחירות לכנסת ה-18, כאשר כיהן כחבר בצוות המשא ומתן הקואליציוני של הליכוד.
בממשלה ה-32 חזר לכהן כשר המשפטים וזאת לאחר שישראל ביתנו נסוגה מדרישתה הראשונית להשאיר את פרופ’ דניאל פרידמן בתפקיד זה, והסכימה כפשרה כי נאמן יכהן בתפקיד זה. במשרתו זו קידם נאמן תוכנית לפיצול תפקיד היועץ המשפטי לממשלה, כיוון שלטענתו היועץ המשפטי לממשלה מצוי בניגוד אינטרסים בבואו לייעץ לה מחד ולהגיש כתבי אישום נגד חבריה מאידך, וכי אין ליועץ מספיק זמן כדי לטפל בפשיעה בארץ בתפקידו כראש מערכת התביעה. על תוכניתו זו נמתחה ביקורת ציבורית, בין השאר מצד גורמים בפרקליטות ובהם פרקליט המדינה משה לדור.
בתחילת דצמבר 2009 המליץ על מינויו של יהודה ויינשטיין לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה, והממשלה אישרה את המינוי.
בכנס רבנים ודיינים בנושא דיני ממונות, שנערך בירושלים, אמר נאמן כי הוא תומך בהפיכת ההלכה למשפט מחייב בישראל, ובעקבות כך נמתחה עליו ביקורת בקרב גורמים במערכת הפוליטית, שהאשימו אותו ברצון להפוך את ישראל למדינת הלכה. בתגובה לכך טען נאמן כי כלל לא התכוון לקרוא להחלפת חוקי המדינה בחוקי ההלכה, וכי הוא דיבר על הגברת חשיבותו של המשפט העברי בישראל
באפריל 2012 העלה הצעת חוק המאפשרת לחברי הכנסת לבטל פסילת חוקים על ידי בג”ץ
ב-18 במרץ 2013, עם השבעת הממשלה ה-33, פרש מהפוליטיקה, וראש מפלגת התנועה ציפי לבני החליפה אותו בתפקיד.
נפטר ב-1 בינואר 2017 (ג’ בטבת ה’תשע”ז) לאחר מאבק במחלת הסרטן.
אתר "ליכודניק" הינו אתר לסיקור פוליטי. האתר עושה את כל המאמצים לאתר זכויות על תמונות וסרטונים. אולם, בהתאם לסעיף 27א' לחוק זכויות היוצרים כל אדם הרואה עצמו נפגע עקב בעלות על זכויות היוצרים של תמונה או סרטון מוזמן לפנות להנהלת האתר